如前所述，阿含/尼柯耶中很多经文以拼图碎片的形式存在，原初的法义展开，心行深入等处语句本应前后连贯，但很多地方已失去了这些连贯性。而失去连贯性往往意味着后人难以追寻到佛陀当初的整体意趣，而代之以各自的理解发挥。后世不少互相难以衔接和自洽的问题往往因此而生。将散落于浩如烟海的文献中佛陀说法的多个片段，凭其某些特征而将之联接起来，形成明确的结构，是个极其困难的工作。这需要从散落各处表面上遥远似乎不相关的大量不同片段中，正确地寻找到具有真实相关性的片段，并将之结合起来。这个困难不是靠勤奋所能克服，而是需要某种“广域相关能力”。就笔者多年的学习，科研与工作的经验来看，具有广域相关能力的人非常少，笔者本人就不具此特长。幸运的是教授对复杂系统的广域关联能力超群，能把握极大量的碎片特征同时不失去对大局的平衡感，从而在各个经文片段的细节间找到关键的相关线索，并将之结合起来恢复自身结构，使经文文意明确化。

第三类困难是，许多词语即使训诂出佛陀时代的词义，那也只是社会大众共许意义下的词义，而佛经原文很多地方对禅修问题的开示中，有些词会有非常特别的含义——与世俗词义有关联，却别有所指。而这个别有的特指，如果译者没有类似的禅修经验和经历，就几乎无法猜到原义。甚至一个相当有禅修经验的人，如果其禅修的方法与佛陀当年开示所说的方法相差过大，也难以猜到这些词汇语句的意思。参加此项工作的三人有多年在同样方法下禅修的实践，奇妙的是大家都感受到与佛陀早期教法的密切契合，佛陀当初的开示，俨然是给实践进行明确的方向指引。随着工作的进展，佛陀最早期对亲传弟子的教法逐渐清晰起来，就好像数量很大的碎片拼出了结构（局部图像）。图像中相邻的拼图块都有了平顺连接的条纹，既有从入手到解脱各个阶段次第衔接的纵向纲要，也有不同方便各自展开却又呼应的内在自洽。从而展示出一部简明扼要，以锋利为特征，整体协调，直接作用于心行的解脱教法。